Des de l'origen de la IAEDEN les tasques de defensa del territori han ocupat bona part dels esforços. Gràcies a aquestes tasques s'ha aconseguit salvar espais com els Aiguamolls de l'Empordà, l'Albera i el Cap de Creus. Així mateix dotzenes de projectes que pretenien agredir la nostra comarca els hem anat aturant. L'estiu del 2002 des de la IAEDEN impulsem la Plataforma Salvem l'Empordà per tal que més gent, no estrictament ecologista, ajudi a defensar el territori. Des de llavors totes les nostres energies  pel tema reivindicatiu les canalitzem des de Salvem l'Empordà.